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정제당 증발기를 통해 농축된 설탕농축액이 결정기에 정상적으로 투입되는지 확인한다. 결정기를 가동해 열을 가하면서 수분을 증발시킨다. 작업표준에 따라 정해진 수준까지 수분이 증발되면, 제조하고자 하는 설탕의 종류에 따라 크기와 분량을 달리하는 일정량의 결정핵(seed: 아주 곱게 갈린 설탕 알갱이)을 투입한다. 결정기를 진공상태로 가동한 후 결정기 내부의 온도가 일정하게 유지되는지 확인한다. 확대모니터와 투시경(sight glass)을 통해 결정핵과 설탕입자가 결정입자(mass: 결정핵이 굵어지는 형태)로 성장하는 것을 관찰한다. 결정핵이 부족할 경우 필요한 만큼의 결정핵을 더 투입하고, 일정크기로 결정입자가 성장하면 설탕결정을 분리하는 공정으로 자동 이송한다. 자동화된 기계의 조정판에 농축도, 결정기의 온도, 결정핵의 투입량, 펌프의 이송속도 등을 입력하기도 한다.