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농산물 유통업체로부터 농산물의 잔류농약 안전성에 대한 검사의뢰를 받아 검사계획을 수립한다. 출하전 산지나 판매 전 유통업체에서 시료를 채취한다. 산지에서 시료를 채취하는 경우 불시에 검사대상자에게 방문통보를 한 후 검사할 시료를 채취하여 검사대상 농업인이 공동서명을 하여 시료를 비닐팩에 밀봉한다. 시료수거내역서를 발급하여 한 장은 시료를 밀봉한 팩에 붙이고 한 장은 농업인에게 준다. 채취한 시료를 검사센터에 제출하여 다양한 검사(GC-MS/MS, GC-MS, GC-ECD, GC-NPD, HPLC 등)를 통한 잔류농약 분석을 의뢰한다. 분석결과를 식품 농약 잔류허용기준치에 따라 성적서를 작성하여 의뢰인에게 보낸다. 잔류농약이 허용치보다 높을 때에는 불합격 성적서를 발송하여 적절한 조치가 이루어지도록 한다.