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시료의 분석기기 데이터를 확인하고 설계된 정확도를 검증한다. 수학, 통계학, 프로그래밍 언어 등의 다양한 전산 도구(Tool, 프로그래밍 언어, 스크립터, 분석, 통계 프로그램 등 다양한 종류가 사용됨)를 사용하여 분석방식에 적합한 알고리즘 적용시킨다. 기본데이터 분석(매칭, 정렬, 필터링, 분류)을 수행하여 염기서열을 완성하고 조합이 완료되면 분석 요구조건에 따라 구조분석(structure analysis), 기능해석(functional analysis), 대사경로 분석(pathway analysis) 등을 위해 통계/확률 알고리즘을 적용한다. 대조군 데이터베이스(DB, database)와 변이 및 발현에 대한 정보를 비교?분석한다. 분석이 완료된 결과물은 시스템에 등록하고 관련부서에 통지한다. 분석의 정확도를 높이기 위해 새로운 분석방식을 적용하거나 반복적인 분석을 통해 새로운 알고리즘을 개발하거나 개선점을 도출하기도 한다.